第一章 生物信息学的分子生物学基础
Chapter 1 Molecular Biology Basis for Bioinformatics |
1．什么是蛋白质的一级结构、二级结构、三级结构和四级结构？
2．DNA的双螺旋结构要点是什么？
3．RNA主要有哪几种？各有何结构特点和功能特点？
4．什么是中心法则？中心法则包括哪几个主要过程？
5．什么是基因工程？什么是PCR技术？
6．基因克隆包括哪些基本过程？
7．什么是基因组和蛋白质组？对它们的研究有何意义？ |
第二章 生物信息学的计算机基础
Chapter 2 Computer Basis for Bioinformatics |
1．简述网络操作系统的类型。
2．简述Internet的功能。
3．用Perl编写一个小型序列比对程序。
4．简述数据库的三级结构。
5．SQL的查询功能有哪些？ |
第三章 核酸序列分析
Chapter 3 Nucleic Acid Sequence Analysis |
1．什么是全局比对？在设计全局比对算法时主要考虑哪几点？
2．现有两条序列分别是TGAACTCCCTCAGATATTA和CGAACCCTCACATATTAGCG， 假设匹配得分=1，失配得分=0，空位罚分=-1，利用动态规划算法对这两条序列进行比对，画出对应于计算过程的得分矩阵及最优路径，并给出这两条序列最终的比对结果。
3．什么是局部比对？有哪些优点？通常采样的算法有哪些？
4．请从GenBank中查找一条植物光合作用过程的关键酶基因序列，并用BLAST在GenBank中进行搜索。并在比对结果中挑选10条序列，用ClustalX1.8（软件可以在网上下载）进行多重比对。 |
第四章 分子进化分析
Chapter 4 Molecular Evolution Analysis |
1．名词解释：分子进化；系统树；枝长；无根树；有根树；分子钟；中性理论；似然率。
2．分子系统树构建的主要方法有哪些？各有何特点？
3．为什么需要用统计分析方法来检验分子系统树的可靠性？ |
第五章 基因组分析
Chapter 5 Genome Analysis |
1．什么是基因组学？主要研究内容是什么？
2．原核与真核生物基因组的结构有何不同？
3．为什么要进行模式生物基因组研究？
4．基因组的测序原理是什么？各种测序方法有何优缺点？
5．分子标记的方法有哪些内容和特点？
6．遗传连锁图的构建方法是什么？
7．物理图谱的类型及构建方法是什么？
8．转录图谱的构建有何意义？
9．基因组功能注释需要哪些内容？
10．基因组多态性的类型和特点有哪些？
11．功能基因组学的研究策略是什么？
12．功能基因组学的主要分析方法是什么？
13．比较基因组学的基本原理是什么？
14．比较基因组学的主要研究方法有哪些？各有何特点？
15．模式生物基因组比较研究的特点是什么？ |
第六章 蛋白质组分析
Chapter 6 Proteome Analysis |
1．蛋白质组学的概念和主要研究的大致方向是什么？
2．简介“鸟枪”蛋白质组分析方法的步骤？
3．蛋白质功能预测的程序是怎样的？
4．MALDI-TOF-MS的基本原理是什么？
5．研究蛋白质相互作用的基本方法有哪些，所依据的原理是什么？ |
第七章 生物芯片数据分析
Chapter 7 Biochip Data Analysis |
1．什么是生物芯片？生物芯片有哪些类型？生物芯片有何特点？
2．生物芯片的制备包括哪些基本过程？生物芯片分析包括哪些基本步骤？
3．生物芯片有哪些方面的应用？
4．生物芯片信号检测技术有哪些？
5．生物芯片数据处理与分析有哪些方法？ |
第八章 核酸与蛋白质结构预测
Chapter 8 Structure Predication for Nucleic Acid and Protein |
1．RNA的功能与其二级结构有何相关性？
2．预测RNA二级结构的方法有哪些？
3．RNA生物信息资源有哪些？用任一软件对Pinus tabliformis的5S ribosomal RNA的二级结构作分析。
4．预测蛋白质的二级结构和三级结构的方法有哪些？
5．怎样利用NNPREDICT蛋白质二级结构人工神经网络预测平台对SjIR-3基因编码的蛋白质的二级结构进行预测？
6．如何利用Swiss-model和3D-PSSM对SjIR-3基因编码的蛋白质的三级结构进行预测？
7．预测细胞膜蛋白质的方法有哪些？ |
第九章 生物信息学平台与工具软件
Chapter 9 Platform and Tool Software for Bioinformatics |
1. 分别登陆GenBank和EMBL数据库，调阅同一序列，对二者的数据格式进行比较。
2. 登陆PDB，调阅CAM分子结构数据，获取分子三维结构可视化图像。
3. 如何在本地Windows操作系统的PC机上建立生物信息分析平台？
4. 如何建立NCBI的镜像？ |
